民国10年(1921年)入宿县县立第三高等小学攻读。民国14年4月,濉溪共产党组织决定成立以萧亚珍为首的反对基督教活动的七人委员会。在反基督教大会上,萧亚珍作了《驱逐基督教士是保护祖国的正义行动》的演讲。15年,萧亚珍加入中国共产党。同年冬。被党组织保送到武汉军校学习。民国16年萧亚珍回到濉溪,任濉溪区委委员。同年秋,萧亚珍发动木工、泥工、搬运工、酿酒工等500多人,集中到南阁巷武营开会。他在会上宣布成立赤色工会,萧亚珍为工会负责人。民国18年夏,萧亚珍任萧县县委委员。建立团县委时,又被任命为团县委书记。民国19年6月萧亚珍目标暴露,遭到国民党萧县县长王公堌的悬赏通缉。同年11月6日,萧亚珍被永堌民团逮捕,第二天即押送萧县,11月23日上午在萧县北关就义。